Flores pozostawił po sobie około 20 portretów, w tym dwie wersje portretu rodziny Quiason. Inne obrazy portretowe, które wyszły spod jego pędzla ukazywały takie postacie jak Miguela Henson, Andrea Dayrit, Quintina Castor de Sadie, Severina Ocampo de Arroyo, Anastasia Sandiko Panlilio czy Lucila Panlilio. Prace te poświęcają wiele uwagi ubiorowi portretowanych, noszonej przez nich biżuterii, nie pomijają wreszcie wystroju ich mieszkań. Oddają przy tym szczegóły ze znacznym realizmem oraz dużą dokładnością. Wśród prac Floresa o tematyce religijnej wymienić należy El Bautismo de Cristo, San Roque, Parabola de la Mujer Arrepentida, La Inmaculada Concepcion oraz dwie wersje La Virgen Maria. Zlecano mu także opracowanie wystroju wnętrz w kościołach w niektórych miastach Pampangi, w tym tych w Mexico, Bacolorze, Betisie czy Santa Ricie.
Był pierwszym filipińskim malarzem, którego praca została doceniona na wystawie międzynarodowej. W 1876 jego obraz La Musica del Pueblo zdobył srebrny medal na wystawie w Filadelfii. W 1892 jego Despues de la Ultima Cena oraz El Prendimiento zdobyły główne nagrody na konkursie zorganizowanym dla uczczenia trzechsetlecia powstania San Juan de la Cruz.