Po utworzeniu w 1992 roku czeskiej Extraligi Bohemians przystąpił do tych rozgrywek, zdobywając mistrzostwo w sezonie 1992/1993. W 1993 roku klub zadebiutował w Pucharze Europy. Czeski zespół przegrał wówczas z UGA Barcelona i Invicta Knights Maidstone oraz wygrał z Paisley YMCA Chess Club i w fazie grupowej zajął siódme miejsce. W sezonie 1993/1994 Bohemians obronił tytuł mistrza Czech. W Pucharze Europy klub wygrał z VEF Ryga i Stilonem Gorzów Wielkopolski i przegrał z Kaisė Wilno, w efekcie czego zajął drugą pozycję w fazie grupowej. W 1995 roku w krajowej lidze Bohemians zakończył rozgrywki na drugim miejscu, za Lokomotivą Brno, a w następnym sezonie był trzeci. W 1999 roku klub spadł z Extraligi, powrócił do niej dwa lata później. W sezonie 2001/2002 zespół ponownie spadł z najwyższej ligi czeskiej. W 2007 roku klub awansował do Extraligi, spadł z niej w sezonie 2009/2010. Zespół ponownie awansował do Extraligi w 2011 roku, jednak spadł z ligi w sezonie 2012/2013. W sezonie 2014/2015 klub spadł z 1. ligi. W 2016 roku Bohemians wrócił do rozgrywek drugiego poziomu ligowego, z którego spadł w 2018 roku. W sezonie 2023/2024 Bohemians ponownie spadł w 1.