Na początku Stowarzyszenie miało swoją siedzibę w XV Liceum Ogólnokształcącym przy ulicy Klonowej 16 w Warszawie, następnie przez wiele lat, w budynku Instytutu Fizyki Uniwersytetu Mikołaja Kopernika przy ulicy Grudziądzkiej 5 w Toruniu, a od 2020 roku na Wydziale Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Funkcję Przewodniczącego Zarządu PSNPP pełnili kolejno: Tomasz Fatyga, Sławomir Ziemicki, Stefan Sawczyński, Waldemar Gancarz, Piotr Felski, dr Józefina Turło, dr Karol Dudek-Różycki.
Zjazdy PSNPP Od początku istnienia stowarzyszenia, organizowane są zjazdy szkoleniowe dla członków i sympatyków PSNPP, które są okazją do prezentacji osiągnięć i rozwiązań metodycznych nauczycieli, wymiany doświadczeń na temat nauczania przedmiotów przyrodniczych, a także spotkań z ciekawymi wykładowcami z Polski i zagranicy.