Służbę w Wojskach Obrony Terytorialnej rozpoczął od 2017 od stanowiska szefa Oddziału Rodzajów Wojsk. Następnie w 2018 został wyznaczony na stanowisko dowódcy 8 Kujawsko-Pomorskiej Brygady OT, które obejmował do 2023. Od 11 listopada 2023 czasowo pełnił obowiązki dowódcy WOT, a z dniem 3 maja 2024 został mianowany na stanowisko Dowódcy Wojsk Obrony Terytorialnej..
Awanse 45px|link=podporucznik podporucznik – 1994 (...) 45px|link=generał brygady generał brygady – 9 listopada 2023. (data odebrania awansu) 45px|link=generał dywizji generał dywizji – 8 listopada 2025. (postanowienie Prezydenta RP), 11 listopada 2025 (data odebrania awansu)
Ordery, odznaczenia i wyróżnienia mały|gen. bryg. Krzysztof Stańczyk odbiera coin V korpusu od gen.