5 listopada 1791 placówka została zamknięta przez Leopolda II Habsburga, a jej majątek przejęła diecezja Linzu. W 1810, podczas okupacji francuskiej, Napoleon Bonaparte przekazał kompleks generałowi Carlowi Philippowi von Wredemu, który urządził tu swoją rezydencję. Potomkowie von Wredego byli właścicielami dawnego opactwa do 1985 roku. W 2001 otwarto tu Hotel Schloss Mondsee, funkcjonuje tu również Muzeum Budownictwa Palowego i Klasztoru. 2 lutego 2005 papież Jan Paweł II wyniósł kościół klasztorny do godności bazyliki mniejszej. Świątynię wyremontowano w latach 2005–2008.
Bazylika Bazylika św. Michała jest jednym z największych gotyckich kościołów w Austrii i drugim co do wielkości kościołem w kraju związkowym Górna Austria (po Nowej Katedrze w Linzu). Fasada kościoła jest barokowa, flankują ją dwie, 52-metrowe wieże. Budynek ma 70 m długości, 34 m szerokości i 22 m wysokości. Wczesnobarokowy ołtarz główny wykonał w 1626 roku salzburski rzeźbiarz , ma on wysokość 18 m. Wnętrze zdobi również dwanaście barokowych ołtarzy bocznych, ich autorami są Franz Anton Koch, i Leopold