Na mocy uchwały numer LVI/710/08 rady miasta Krakowa (2008) Krakowski Holding Komunalny wziął odpowiedzialność za zaprojektowanie, budowę i eksploatację Zakładu Termicznego Przekształcania Odpadów w Krakowie. Krakowski Holding Komunalny miał ustalić lokalizację zakładu, opracować wstępną koncepcję budowy oraz projekt architektoniczny, pozyskać teren pod budowę oraz przeprowadzić konsultacje społeczne. Spalarnia odpadów została oddana do użytkowania w czerwcu 2016. Krakowski Holding Komunalny nadzorował proces budowy oraz wziął odpowiedzialność za eksploatację zakładu.
Krakowski Holding Komunalny posiada bezpośredni udział wynoszący 100% kapitałów pozostałych spółek. Kontrolę nad działalnością Krakowskiego Holdingu Komunalnego sprawuje rada nadzorcza, która może liczyć do sześciu członków. Radę nadzorczą powołuje i odwołuje walne zgromadzenie. W listopadzie 2024 prezesem zarządu Krakowskiego Holdingu Komunalnego został Bogusław Kośmider.