W tym czasie Miss Stone i Ciłka przetrzymywane były w trudnych warunkach, zmuszane do długich marszów w górach i kilkukrotnie zagrożone utratą życia w przypadku niepowodzenia negocjacji.
Ostatecznie okup w wysokości około 66 tysięcy dolarów został zebrany dzięki inicjatywie amerykańskich wspólnot religijnych, prywatnych darczyńców oraz częściowo dzięki naciskowi opinii publicznej. W lutym 1902 roku Miss Stone i Katerina Ciłka zostały uwolnione w pobliżu Strumicy. Powrót misjonarki był sukcesem, choć w rzeczywistości afera ujawniła ograniczone możliwości amerykańskiej dyplomacji i brak doświadczenia w radzeniu sobie z terroryzmem międzynarodowym.
Konsekwencje wydarzenia W literaturze amerykańskiej sprawa Miss Stone jest interpretowana jako przykład wczesnego konfliktu związanego z terroryzmem międzynarodowym i dowód na ograniczone możliwości USA w ochronie swoich obywateli za granicą na początku XX wieku. Jednocześnie wydarzenie to miało znaczenie propagandowe dla ruchu macedońskiego, gdyż zwróciło uwagę opinii międzynarodowej na sytuację w regionie i walkę z panowaniem osmańskim.