Za pomocą miecza postacie mogą atakować przeciwników, wchodzić w interakcje z postaciami niezależnymi oraz zbierać przedmioty. Stojąc lub kucając można użyć tarczy, która odbija pociski wroga. W grze występuje waluta określana jako Rubies (w pozostałych częściach serii nazwana Rupees), za którą można zakupić w sklepie ropę do lampy, linę oraz bomby, przydatne podczas rozgrywki. Całkowita utrata zdrowia, przedstawionego w formie serduszek, skutkuje możliwością kontynuowania rozgrywki w pobliżu miejsca śmierci bohatera. Po trzech takich sytuacjach gracz zostaje przeniesiony na mapę wyboru lokacji, co wymusza ponowne rozpoczęcie danego poziomu.
Fabuła Link: The Faces of Evil Główny bohater, Link wyraża znudzenie otaczającym go spokojem i domaga się kolejnej przygody. Nagle przybywa czarodziej Gwonam, informując Linka oraz króla Harkiniana, że główny antagonista, Ganon wraz ze swoimi sługusami atakuje wyspę Koridai i że tylko Link może go pokonać. Podczas podróży na wyspę, Gwonam wyjaśnia Linkowi, że musi zniszczyć tytułowe Twarze Zła wyrzeźbione w górach i reprezentujące sługusów Ganona. W trakcie przygody Link znajduje księgę Koridai, którą zanosi do badaczki o imieniu Aypo. Ta tłumaczy mu, że jedynym sposobem na pokonanie Ganona, jest użycie owej księgi.