Po napaści Niemiec na Polskę we wrześniu 1939 roku wraz ze szkolną kompanią lotniczą został ewakuowany transportem kolejowym na wschód Polski. 25 września 1939 w Bożej Woli dostał się do niewoli sowieckiej, został aresztowany przez NKWD. Przebywał w różnych obozach jenieckich w Radziwiłowie, Sytnie, Radotyczach, Janowie k. Lwowa. W obozach tych pracował fizycznie przy budowie dróg oraz różnych pracach gospodarczych. W czerwcu 1941 wraz z innymi jeńcami transportem ewakuacyjnym wysłany został do obozu w Starobielsku. Tam też na podstawie amnestii władz ZSRR na podstawie porozumienia z polskim rządem Tadeusz Krzystek został zwolniony z obozu 24 sierpnia 1941. Tadeusz zgłosił się tworzącej się armii polskiej w Tockoje. Następnie został skierowany do Kranowodzka do tworzącej się Eskadry Łącznikowej dowodzonej przez kpt. Eugeniusza Kowalczyka. W 1942 wraz innymi lotnikami przez Persję i Palestynę został przetransportowany do Wielkiej Brytanii, gdzie w Blackpool został przyjęty do Polskich Sił Powietrznych (otrzymał nr sł. RAF 704615). Jednak z powodu wady wzroku w polskiej 16 Szkole Pilotażu (No.