W marcu 1939 nadal pełnił służbę w Wyższej Szkole Wojennej na stanowisku kierownika przedmiotu taktyka ogólna I kursu.
W czasie kampanii wrześniowej walczył na stanowisku szefa Oddziału III Sztabu Armii „Poznań”. Wziął udział w bitwie nad Bzurą i obronie Warszawy. Po kapitulacji załogi stolicy dostał się do niemieckiej niewoli i został osadzony w Oflagu VII A Murnau. Wiosną 1945 generał dywizji Juliusz Rómmel jako najstarszy obozu w Murnau, opiniujac wyższych oficerów napisał: „Robakiewicz Feliks, [starszeństwo] 1936, awans. Nadaje się na dowódcę pułku i do pracy w sztabach”. 29 kwietnia 1945 został uwolniony przez żołnierzy amerykańskiej 12 Dywizji Pancernej. Po uwolnieniu z niewoli pozostał w Polskim Ośrodku Wojskowym Murnau, a później w Obozie F dla polskich uchodźców i osób przesiedlonych w Ingolstadt w Bawarii.