Dorobek naukowy Jest autorem, współautorem i redaktorem ponad 100 publikacji naukowych z zakresu filozofii informatyki, historii i filozofii nauki, etyki nowych technologii, historii filozofii polskiej i relacji nauka-religia. Jest głównym kontynuatorem tradycji Krakowskiej Szkoły Filozofii w Nauce, zainicjowanej przez Michała Hellera i rozwijanej w środowisku krakowskim od przełomu lat 70. i 80. XX wieku, a koncentrującej się na podejmowaniu interdyscyplinarnych badań na styku nauk i filozofii. Jako uczeń Hellera rozwija stworzoną przez krakowskiego kosmologa koncepcję „filozofii w nauce” i propaguje ją międzynarodowo (redaktor „Philosopy in Science” w PhilPapers).
Sformułował komplementarny projekt badawczy „filozofia w technice”, który rozwija m.in. wraz z Romanem Krzanowskim, Łukaszem Mścisławskim, Kristiną Škrest. W obszarze historii filozofii skupia się przede wszystkim na badaniu recepcji teorii naukowych w Krakowie i we Lwowie w okresie obejmującym XIX wiek i pierwszą połowę XX wieku. Zajmuje się również metodyką pracy naukowej w filozofii (z uwzględnieniem cyfrowej humanistyki) oraz dydaktyką filozofii (propedeutyka filozoficzna).