Barometr ten jest krytykowany za znaczną stronniczość ze strony wpływowych elit.
Transparency International ostrzega, że kraj z wysokim wskaźnikiem CPI może nadal być powiązany z korupcją na arenie międzynarodowej. Na przykład podczas gdy Szwecja miała trzeci najlepszy wynik CPI w 2015 roku, jedna z jej państwowych firm, TeliaSonera, była oskarżona o korupcję w Uzbekistanie.
Korupcja transnarodowa w państwach o wysokich wynikach CPI Zaawansowane gospodarki Europy Północnej i Zachodniej, Ameryki Północnej oraz Azji i Pacyfiku zazwyczaj zajmują wysokie miejsca w rankingach w dłuższej perspektywie. Oznacza to, że kraje te są postrzegane jako kraje o niskim poziomie korupcji w sektorze publicznym. Kraje te mają również na ogół dobrze funkcjonujący system sądowniczy, silne rządy prawa i stabilność polityczną – wszystkie te czynniki przyczyniają się do postrzegania czystych rządów. Jednakże chociaż te kraje zajmujące czołowe miejsca w rankingu mają silne instytucje krajowe, ich zaangażowanie w walkę z korupcją wydaje się słabe, jeśli chodzi o ich własne systemy finansowe i regulacje wpływające na środowisko międzynarodowe. Wskaźnik CPI nie uwzględnia korupcji transnarodowej, więc korupcyjne praktyki biznesowe firm z tych krajów nie wpływają na ich wyniki w CPI. Przykład Holandii podkreśla ten problem.