Kościół św. Jana (niem. Johanniskirche lub St. Johannis) – romańsko-gotycka świątynia znajdująca się w niemieckim mieście Moguncja. Do 1036 roku katedra arcybiskupów Moguncji, od 1828 kościół luterański.
Historia W II lub III wieku naszej ery prawdopodobnie znajdowała się tu świątynia Jowisza. W V lub VI wieku wzniesiono tu trójnawową, orientowaną bazylikę, o długości 27 metrów i szerokości 20 metrów, a około VI wieku biskup Sidonius dobudował do niej baptysterium. Kościół był pierwszą katedrą archidiecezji Moguncji. Przechowywano tu relikwie św. Bonifacego w postaci fragmentów zakrwawionej tkaniny. W X wieku świątynię rozebrano i na jej miejscu wzniesiono nową, o długości 50 metrów i szerokości 29 metrów. W 1021 roku pochowano tu abpa , a w 1024 miała tu miejsce koronacja Konrada II Salickiego. Po konsekracji nowej katedry w 1036 roku kościół ustanowiono siedzibą kapituły kolegiackiej. Pod koniec XII wieku przebudowano wnętrze, a w XIV wieku dobudowano gotyckie prezbiterium. W latach 1684–1686 podniesiono poziom posadzki i przeniesiono ołtarze, a wieżę nakryto hełmem cebulastym. 22 maja 1767 rozebrano korytarz łączący świątynię z sąsiednią katedrą.