Wobec masowego terroru, który władze sowieckie stosowały na ziemiach okupowanych, pojemność tych placówek szybko okazała się niewystarczająca. Konieczne stało się tworzenie nowych więzień lub powiększanie istniejących. Jednocześnie w mniejszych miejscowościach, w szczególności na obszarze przygranicznym, powstawały mniej lub bardziej prowizoryczne areszty. Panujące w nich warunki były szczególnie prymitywne.
Więzienia NKWD na terenach okupowanych Warunki bytowe i reżim więzienny thumb|Więzienie na Łukiszkach w Wilnie. Zdjęcie z okresu międzywojennego thumb|Gmach dawnego więzienia przy ul. Łąckiego we Lwowie thumb|Dawny klasztor brygidek w Łucku, w którym mieściło się więzienie NKWD thumb|Gmach dawnego więzienia NKWD w Tarnopolu Osoby aresztowane przez NKWD zazwyczaj trafiały albo bezpośrednio do więzień ogólnych, albo do aresztów, które funkcjonowały przy posterunkach milicji i urzędach NKWD w mniejszych miejscowościach. Dalszy przebieg śledztwa był uwarunkowany wagą stawianych zarzutów. Czasami aresztantów pozostawiano w więzieniach, które znajdowały się w miastach rejonowych lub w przedwojennych miastach powiatowych. Osoby, na których ciążyły poważniejsze zarzuty, przenoszono do więzień w miastach obwodowych.