Wybuch II wojny światowej zastał go z synem na wakacjach na Polesiu. W nieznanych okolicznościach, po agresji ZSRR na Polskę (17 września 1939), dostał się do sowieckiej niewoli i został osadzony w obozie w Kozielsku. 11 lub 12 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego (lista nr 022/3 z 9 kwietnia 1940). 13 lub 14 kwietnia 1940 zamordowany w Katyniu i tam pogrzebany. Od 28 lipca 2000 spoczywa na Polskim Cmentarzu Wojennym w Katyniu.
Był żonaty z Janiną z Dawidowskich primo voto Cydzik (zm. 1948), z którą miał córki Krystynę i Aleksandrę (zm. 1999) oraz syna Ryszarda (ur. 1927). Syn został deportowany do rejonu totiemskiego w obwodzie wołogodzkim. Żona została pochowana razem z pierwszym mężem – Janem Cydzikiem (zm. 1918), synem z pierwszego małżeństwa – Januszem Cydzikiem (1917–1944) oraz córką Aleksandrą i jej mężem – Stanisławem Nowińskim (zm. 1990) na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 319, rząd 7, miejsce 1). Jest to również symboliczny grób Romana Krzyżanowskiego.