Jerzy Dziubiński prawykonał też dwa Koncerty organowe Mariana Sawy – na inaugurację nowych organów firmy Walcker w Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina, oraz na poświęcenie nowego instrumentu firmy Hillebrand w ewangelicko-augsburskim Kościele św. Trójcy w Warszawie. W kościele tym był przez 30 lat organistą i kierownikiem muzycznym. Tworzył tu oprawę muzyczną nabożeństw (też ekumenicznych pod przewodnictwem Papieża Jana Pawła II, czy Benedykta XVI) i sprawował kierownictwo artystyczne festiwali (m.in. Międzynarodowego Festiwalu Bach...ale nie tylko ). Był konsultantem budowy nowych organów w tej świątyni.
Współpraca z innymi muzykami oraz orkiestrami Koncertował jako solista z orkiestrami takimi jak Sinfonia Varsovia (pod batutą Jana Krenza) czy Concerto Avenna (pod dyr. Andrzeja Mysińskiego). Z tym ostatnim zespołem i z udziałem żony – Emilii Dziubińskiej, zaprezentował w 2005 roku warszawskiej publiczności festiwal Wszystkie koncerty organowe J.F.Haendla (nikt wcześniej w Polsce nie wykonał kompletu 16 koncertów podczas jednego festiwalu). W 2007 roku jego kontynuacją był festiwal Koncerty organowe J.Haydna i C.Ph.E.Bacha z udziałem tych samych wykonawców.