Twórczość Fontaine nie jest łatwa do skategoryzowania, choć często używa się określenia „dramat psychologiczny". Powiedziała brytyjskiej gazecie: „Staram się pracować nad ślepą stroną moich postaci, w sposób freudowski: pytać, 'Jakie rzeczy o sobie są nieświadome?' Fascynuje mnie ironia losu, kiedy coś wymyka się spod kontroli. Wszystkie moje historie mają w sobie element okrucieństwa."
Jej późniejsze filmy obejmują Idealne matki (2013), Gemma Bovery (2014) oraz wysoko oceniony dramat wojenny Niewinne (2016), który zdobył wiele nagród festiwalowych. W 2024 roku wyreżyserowała film biograficzny Boléro o życiu tancerki i śpiewaczki Loie Fuller.
Filmografia Reżyseria Rok Tytuł Uwagi 1993 Les Histoires d’amour finissent mal... en général Debiut reżyserski, Nagroda im. Jeana Vigo 1995 Augustin 1997 Pranie chemiczne Złota Osella za scenariusz w Wenecji 1999 Augustin, król kung-fu 2001 Jak zabiłem mojego ojca z Michel Bouquet 2003 Nathalie...