Jako teoretyk i krytyk narracji, jest autorem licznych publikacji poświęconych komiksowi, literaturze i sztuce. Pisał m.in. o takich postaciach jak Paul Valéry, Sándor Ferenczi, Alain Robbe-Grillet, Jirô Taniguchi czy Chris Ware. W 2010 opublikował pierwszą biografię filozofa Jacques’a Derridy, przetłumaczoną na dziesięć języków.
Kariera komiksowa Peeters zadebiutował jako scenarzysta komiksowy w 1982 w magazynie „À Suivre”, gdzie rozpoczął współpracę z François Schuitenem nad serią Mroczne Miasta. Cykl ten, opowiadający o alternatywnym, równoległym świecie, szybko zdobył uznanie krytyków i czytelników. Do tej pory ukazało się piętnaście tomów serii, wielokrotnie nagradzanych i tłumaczonych na różne języki.
Wspólnie ze Schuitenem Peeters stworzył również inne projekty, m.in. Plagiat! (1989) dla Alaina Goffina oraz Dolorès (1989) dla Anne Baltus. W tym samym czasie kontynuował serię Ergün L’Errant Didiera Comèsa we współpracy z Patrickiem Deubelbeissem, z którym stworzył także Transpatagonien (1989).
W kolejnych latach Peeters opracował m.in. serię kryminalną Le Signe de Lucifer (1990, z Alainem Goffinem), Love Hôtel (1992, z Frédérikiem Boiletem), Le Théorème de Morcom (1992, ponownie z Goffinem) oraz Calypso (1994, z Anne Baltus).