Produkcja mały|Piotr Domalewski, reżyser filmu Za produkcję Ministrantów odpowiedzialne było studio Aurum Film, a wśród producentów filmu figurowali Leszek Bodzak, , Piotr Walter i Jarosław Jakubiec. Film dodatkowo został dofinansowany przez samorząd województwa mazowieckiego, miasto stołeczne Warszawę, organizację Kreatywna Europa oraz Polski Instytut Sztuki Filmowej, choć przyznaniu środków przez PISF towarzyszyły liczne kontrowersje (zob. sekcja poniżej).
Pomysł na Ministrantów reżyser Piotr Domalewski zapożyczył z własnej biografii. Jak twierdził, przez 12 lat pełnił posługę ministranta w parafii we wschodniej Polsce i „wiedział, jak to wygląda”. Na potrzeby produkcji swego czwartego filmu pełnometrażowego Domalewski postanowił zainspirować się własnymi doświadczeniami. Jak twierdził w wywiadzie na potrzeby materiałów prasowych: „Chciałem zrobić nie tyle film o samym środowisku ministrantów, ile o społeczności skupionej wokół Kościoła. Interesowało mnie, jak współczesna młodzież stara się odnaleźć w świecie i zasadach ustalonych przez starsze pokolenia”. Domalewski był jednocześnie reżyserem i scenarzystą filmu.