Czy grzech może być drogą zbawienia?” Burchacki, porównując Ministrantów z Klerem Wojciecha Smarzowskiego, ocenił film Domalewskiego jako znacznie subtelniejszy: „To, co Smarzowski wyrąbuje konsekwentnie i skutecznie siekierą, Domalewski wykuwa dłutem”. Michał Piepiórka z portalu Filmweb zauważył: „Domalewski pisze własną społeczną naukę Kościoła, stawiając na to, co najbardziej fundamentalne: troskę o innych, niezgodę na niesprawiedliwość, dbanie o słabszych, ochronę pokrzywdzonych. Ale ten utopijny radykalizm czynienia dobra nie jest pozbawiony krytycznej refleksji, zostaje bowiem zestawiony z realiami dalekimi od utopii”. Janusz Wróblewski z „Polityki” ocenił Ministrantów jako „ironiczną, pełną ciepłego humoru humanistyczną przypowiastkę”.
Bardziej krytyczny wobec przesłania Ministrantów był Łukasz Wesołowski z Klubu Jagiellońskiego, który interpretował przedstawioną w filmie historię jako zbyt ponurą i pesymistyczną: „Fabuła filmu jest więc w gruncie rzeczy pochwałą indywidualizmu, podkreśleniem moralnej wyższości jednostki nad wspólnotą, w której żyje. Mówi nam, że nawet jeśli zgadzasz się z wartościami, które społeczeństwo oficjalnie wyznaje, to najlepiej zrobisz, jeśli będziesz je realizował sam”.