Chráněná krajinná oblast Blaník znajduje się w strefie klimatu umiarkowanego ciepłego o cechach przejściowych, charakterystycznego dla Europy Środkowej. Średnia roczna temperatura wynosi 7,5 °C, a średnia roczna suma opadów to 650 mm. Pokrywa śnieżna zalega krótko, a długość okresu wegetacyjnego wynosi 150 dni. Dominują wiatry zachodnie oraz południowo- i północno-zachodnie.
W ramach CHKO funkcjonuje również pięć mniejszych form ochrony przyrody: trzy rezerwaty przyrody () oraz dwa pomniki przyrody (), a także dwa obszary sieci Natura 2000.
Roślinność i flora thumb|left|Las bukowo-świerkowy na zboczach Malego Blaníka (2010) Pierwotnie cały obszar masywu Blaník porośnięty był lasami; przeważały jodła i buk z domieszką klonu, lipy i jawora na skalistych rędzinach inicjalnych, zbocza południowe i południowo-zachodnie porastały prawdopodobnie lasy dębowe z domieszką grabu oraz lasy mieszane z udziałem sosny, zaś nad rzekami – łęgi wierzbowe, olszowe i jesionowe. Zmiany w lokalnym drzewostanie związane były m.in. ze wzniesieniem ok. 2400 lat temu grodu na Velkým Blaníku, budową klasztoru norbertanek w Louňovicach pod Blaníkem oraz wprowadzeniem masowej uprawy (las gospodarczy) świerka. W 2017 roku lasy stanowiły 31% powierzchni CHKO Blaník.