W wodach rzek i potoków żyje m.in. minóg strumieniowy (Lampetra planeri), a oprócz pospolitych środkowoeuropejskich gatunków ryb słodkowodnych uwagę zwraca głowacz białopłetwy (Cottus gobio). W CHKO Blaník wykazano występowanie 11 gatunków płazów, m.in. kumaka nizinnego (Bombina bombina), rzekotki drzewnej (Hyla arborea) i traszki zwyczajnej (Lissotriton vulgaris) w kompleksie stawów Částrovické rybníky oraz żaby moczarowej (Rana arvalis) i grzebiuszki ziemnej (Pelobates fuscus). Gady natomiast reprezentuje np. jaszczurka żyworodna (Zootoca vivipara), gniewosz plamisty (Coronella austriaca) i żmija zygzakowata (Vipera berus).
Awifaunę obszaru chronionego reprezentują m.in. kuropatwa (Perdix perdix), przepiórka (Coturnix coturnix), błotniak stawowy (Circus aeruginosus), jastrząb (Astur gentilis), słonka (Scolopax rusticola), orzechówka (Nucifraga caryocatactes), zimorodek (Alcedo atthis), świergotek łąkowy (Anthus pratensis) i włochatka (Aegolius funereus), a także kania ruda (Milvus milvus), błotniak łąkowy (Circus pygargus), dudek (Upupa epops), pliszka żółta (Motacilla flava), remiz (Remiz pendulinus) i białorzytka (Oenanthe oenanthe).