W niespokojnym XVII wieku miasto wraz z okolicą zostało jeszcze raz spustoszone przez wojska – tym razem wojska litewskie, zmierzające w 1683 pod Wiedeń. Do Dolnego Kubina przeniesiono wówczas siedzibę powiatu z kompletnie zniszczonej sąsiedniej Veličnej. W 1712 miasto stało się w końcu oficjalną siedzibą władz komitatu orawskiego. W XVII i XVIII wieku trwały w mieście spory między katolikami i ewangelikami, zakończone dopiero patentem tolerancyjnym cesarza Józefa II w 1784. Wiek XVIII, mimo wielkiego głodu lat 1715 i 1716, był okresem rozwoju miasta – zbudowano ratusz, nowy szpital, browar, gmach władz komitatu, aptekę i pierwszy, drewniany most przez Orawę. Powstały nowe cechy, które pod koniec XVIII wieku zjednoczyły się w jednolity cech ogólnorzemieślniczy (istniejący do 1871). Na początku XIX wieku przez miasto przeprowadzono cesarski gościniec z Królewian do Trzciany. Rozwój trwał również w wieku XIX, mimo wielkiej powodzi w 1813 i wielkich pożarów w latach 1893 i 1895. Ważną datą był rok 1898, kiedy do Kubina dotarła linia kolejowa, biegnąca z Królewian w dolinie Wagu w górę doliny Orawy. W 1910 ludność miasta liczyła 1,9 tys. osób, z czego 1,1 tys. Słowaków, 600 Węgrów i 200 Niemców.