Rozproszone instytucje, w tym zsekularyzowani następcy wydziałów prawa i medycyny, inne świeckie uczelnie założone przez liberałów na wzór francuskich i obiektów religijnych poza miastem Meksyk, odbywały się bez zakłóceń.
W okresie rządów Porfiria Díaza, Justo Sierra zjednoczył i rozwinął rozproszone uczelnie wyższe w mieście Meksyk, tworząc Narodowy Uniwersytet Autonomiczny Meksyku (UNAM). UNAM, publiczna uczelnia założona w 1910 roku, uważa się za instytucjonalnego spadkobiercę pierwotnego Uniwersytetu Meksyku, działającego jednak pod nadzorem państwa, a nie Kościoła. Obecnie Uniwersytet Papieski Meksyku jest jedyną papieską uczelnią wyższą w kraju, ustanowioną przez Stolicę Apostolską.
Organizacja To jeden z dwóch współczesnych uniwersytetów w Meksyku, które utrzymują, że są spadkobiercami Królewskiego i Papieskiego Uniwersytetu Meksyku.
Znani absolwenci Bartolomé de Alva, świecki duchowny katolicki i tłumacz języka nahuatl. Joseph A. Lopez (1779–1841), ksiądz i prezydent Uniwersytetu Georgetown. Agustín Dávila Padilla (1562–1604), kronikarz zakonu dominikanów i jego misji w Ameryce do końca XVI wieku.