W latach 70. i 80. XX wieku Jerzy Kunikowski pracował w Akademii Sztabu Generalnego Wojska Polskiego, gdzie pełnił funkcję kierownika Zakładu Filozofii i Socjologii. Jego doświadczenie wojskowe i interdyscyplinarne kompetencje sprawiły, że angażował się w kształcenie kadr wojska w zakresie nauk humanistycznych i społecznych. W 1998 roku, w stopniu pułkownika, przeszedł w stan spoczynku (do rezerwy), kończąc służbę wojskową.
Jeszcze przed odejściem z wojska, w 1997 roku, związał się z ówczesną Wyższą Szkołą Rolniczo-Pedagogiczną w Siedlcach (później przemianowaną na Akademię Podlaską, a następnie na Uniwersytet Przyrodniczo-Humanistyczny w Siedlcach). Na siedleckiej uczelni utworzył od podstaw Katedrę Edukacji Obronnej. Dzięki jego inicjatywie na kierunku pedagogika uruchomiono nową specjalność przysposobienie obronne (rozszerzoną następnie o zagadnienia obrony cywilnej), która stała się później odrębnym kierunkiem edukacja dla bezpieczeństwa. Programy te cieszyły się dużym zainteresowaniem – do 2014 roku ukończyło je ponad 3000 absolwentów studiów magisterskich i licencjackich oraz około 600 słuchaczy studiów podyplomowych z zakresu edukacji obronnej i bezpieczeństwa.