Podczas Powstania Warszawskiego w 1944 roku katedra znalazła się w centrum walk. Po upadku powstania Niemcy wysadzili ją w powietrze. Metalowy sejf z relikwią, noszący ślady ognia i prób wyłamania wieka, został porzucony w ruinach katedry, gdzie leżał przez dwa lata pod gołym niebem.
Po odnalezieniu został przetransportowany do bezpiecznego miejsca – Kościoła Karmelitów w Warszawie. Od 1947 do 1961 roku pojemnik przebywał w tym kościele. Proboszcz Karmelitów, aby zlikwidować ostry chemiczny odór fenolu wydobywający się z otwartego pojemnika, zalał go do pełna roztopionym woskiem z ogarków świec kościelnych. W 1960 roku szczątki serca powróciły do odbudowanej Archikatedry św. Jana. Następnie w 1963 roku pojemnik został przekazany dyrektorowi Muzeum Narodowego w Warszawie, profesorowi Stanisławowi Lorentzowi, jako część uratowanego mienia. Pojemnik przebywał wówczas w zbiorach Muzeum Narodowego, a następnie trafił do Pałacu na Wyspie w Łazienkach Królewskich. Od 1971 do 1983 roku urna była wystawiana publicznie w kaplicy tego Pałacu, umożliwiając warszawiakom dostęp do tej ważnej pamiątki.