W XVII wieku Długosiodło straciło znaczenie na rynku lokalnym z powodu utrudnienia handlu drogą wodną (wojna o ujście Wisły ze Szwecją, konkurencja z Norwegią eksportującą drewno na zachód Europy), wzrastającego wyzysku ludności chłopskiej w okolicznych zaściankach szlachty zagrodowej na północ i wschód od parafii Długosiodło, zmniejszaniu się siły nabywczej ludności (np. konsumentów produktów wiejskich w miastach) oraz szczególnie fal epidemii m.in. w latach 20. XVII wieku. W 1644 Długosiodło było zamieszkałe przez 44 półwłóczników i 9 ćwiertników. W każdej rodzinie było przeciętnie 5 osób, co oznacza, że liczba mieszkańców Długosiodła wynosiła ok. 250 osób. Lustracja dóbr biskupich z 1659, w czasie potopu szwedzkiego, podaje, że wieś była zniszczona m.in. najazdami kozaków.
Z czasów wojny północnej pochodzi legenda o tym, że na terenie położonych na wschód od wsi Dziewiczych (Dziewczych) Gór dziewczęta uciekające przed wojakami miały się zapaść pod ziemię. W innej wersji dziewczęta uciekały przed Jaćwingami w 1262.
Według legendy w Długosiodle, jadąc z Warszawy do Ostrołęki, zatrzymał się Tadeusz Kościuszko.
Co najmniej w końcu XVIII wieku w Długosiodle osiedliła się ludność żydowska. Podlegała dozorowi bożniczemu w Różanie.