W roku 1993 został profesorem uczelnianym, prodziekanem (1993– 1996) Wydziału Humanistycznego i kierownikiem Zakładu Logopedii i Lingwistyki Edukacyjnej Uniwersytetu Komisji Edukacji Narodowej. Wypracował koncepcję studiów logopedycznych i zorganizował pracownię komputerową z wielowymiarowym programem naukowym i dydaktycznym m.in. w celu diagnozowania dzieci z uszkodzonym słuchem. W roku 1998 opublikował monografię Konteksty kulturowe słownictwa flisackiego, która stała się podstawą wniosku o tytuł naukowy profesora nauk humanistycznych (nominacja nastąpiła 12 lipca 1999).
Przez szereg lat organizował cykliczne konferencje naukowe, których owocem była seria wydawnicza Studia Logopedyczne (od 2006 Studia Logopaedica).
Był członkiem Komisji Rozwoju i Zaburzeń Mowy Komitetu Językoznawczego Polskiej Akademii Nauk.
Badania naukowe i publikacje Badania naukowe Jana Ożdżyńskiego dotyczyły następujących dziedzin: logopedia, leksykologia, słownictwo specjalistyczne, terminoznawstwo, słownictwo sportowe, żeglarskie, morskie, flisackie, etnolingwistyka, lingwistyka kulturowa, pragmalingwistyka, analiza dyskursu, lingwistyka edukacyjna (dyskurs szkolny).
Niektóre prace redagowane przez Ożdżyńskiego, oprócz wymienionych wyżej autorskich (praca magisterska, doktorska, habilitacyjna) prac książkowych: