W latach 1674–1687 wzniesiono barokowe skrzydła klasztorne. W 1740 roku, za kadencji opata Stephana Mayra, rozebrano stary kościół i rozpoczęto budowę nowego wg projektu Johanna Michaela Fischera. Przy budowie pracowali również tacy artyści jak , , czy . Następny opat, Otton II, rozbudował barokowe skrzydła klasztorne, zlecił wykonanie biblioteki (ok. 1765 roku) i przebudował kaplicę św. Małgorzaty. Ostatni opat, Edmund Bachmaier, założył w Fürstenzell szkołę rzemieślniczą.
Klasztor został zlikwidowany w okresie sekularyzacji w 1803 roku. Kościół klasztorny przekształcono w kościół parafialny. Zbiory biblioteki przeniesiono do Biblioteki Dworskiej w Monachium i Uniwersytetu w Landshut. Kaplica św. Małgorzaty została zdesakralizowana, początkowo funkcjonowała jako magazyn wojskowy, a następnie jako skład siana i obora. Zabudowania klasztorne stały się własnością browaru.
W 1930 roku obiekt zakupił zakon marystów, który założył tu kolegium filozoficzno-teologiczne. Podczas II wojny światowej kompleks służył jako szpital wojskowy. W 1948 roku zakonnicy otworzyli tu gimnazjum.