W 1903 roku w Paryżu poślubiła Johna MacBride'a, weterana II wojny burskiej. Małżeństwo okazało się nieudane i zakończyło głośną separacją orzeczoną przez sąd francuski w 1906 roku. Gonne oskarżała męża o alkoholizm oraz napaść na jej przyrodnią siostrę, Eileen Wilson. Pojawiły się również niepotwierdzone sądownie zarzuty (nagłośnione później przez Yeatsa) o molestowanie 10-letniej wówczas Iseult. Sąd przyznał Gonne prawo do wyłącznej opieki nad synem Seánem.

I wojna światowa i uwięzienie

Wybuch I wojny światowej zastał Gonne we Francji, w Pirenejach, gdzie przebywała z synem Seánem i córką Iseult. Zgłosiła się do pracy jako pielęgniarka w szpitalu wojskowym w Argelès-Gazost, gdzie szpitale często funkcjonowały w budynkach przeznaczonych pierwotnie na kasyna. Braki personelu medycznego były tak dotkliwe, że Gonne i jej córka Iseult otrzymały honorowe rangi porucznika armii francuskiej, co umożliwiało im przemieszczanie się z transportami rannych i pracę w szpitalach polowych, m.in. w Le Touquet-Paris-Plage.