Stałymi, czynnymi organami Rady były Stały Wydział oraz oddziały terenowe, które wykonywały zadania merytoryczne i organizacyjne. Stały Wydział składał się z zastępcy przewodniczącego Rady – będącego jednocześnie przewodniczącym Wydziału – oraz z przewodniczących poszczególnych oddziałów. Do jego zadań należała bieżąca koordynacja prac, przygotowywanie projektów uchwał i opinii oraz nadzorowanie działalności oddziałów. Przewodniczący Stałego Wydziału mógł dodatkowo zapraszać do jego składu innych członków Rady, którym powierzano określone zadania specjalistyczne. Umożliwiało to elastyczne reagowanie na potrzeby ochrony przyrody, angażując ekspertów z różnych dziedzin i regionów krajuZbigniew Mirek, Aktualność myśli Jana Gwalberta Pawlikowskiego na tle współczesnych przemian cywilizacyjnych i tendencji w ochronie przyrody, ,,Kwartalnik Historii Nauki i Techniki” 2001, nr 1, s. 127. 32 .

Struktura organizacyjna przyjęta w 1936 r. zapewniała Państwowej Radzie Ochrony Przyrody zarówno stabilność instytucjonalną, jak i zdolność do skutecznego działania w dynamicznie zmieniających się uwarunkowaniach przyrodniczych i społecznych II Rzeczypospolitej.