22 stycznia 1883 roku w „Notificationes” ukazał się okólnik w którym konsystorz ostrzegał duchowieństwo przed braniem udziału w pracach Towarzystwa „gdyż nie ma ufności, że Towarzystwo działać będzie na lud wiejski w duchu ściśle katolickim”. Równocześnie Rada Szkolna Krajowa rozporządzeniem z 19 maja 1884 zakazała wykorzystywania sal szkolnych na potrzeby organizowanych przez Towarzystwo czytelni. Z tego powodu w latach 1883–1884 powstały tylko 2 czytelnie (w Górnej Wsi przy Kółku rolniczym i w Ptaszkowej we dworze) oraz 4 bezpłatne wypożyczalnie w Krakowie i jedna w Podgórzu.
Aby zyskać przychylność obu instytucji podczas walnego zebrania 18 maja 1883 prezesem wybrano ks. Józefa Sebastiana Pelczara, a 22 czerwca 1883 dokonano zmian w statucie zaznaczając, że działalność Towarzystwa będzie zgodna z zasadami wiary katolickiej oraz, że w Wydziale składającym się z 15 członków i prezesa wybieranych na 3 lata ma zasiadać po 2 reprezentantów duchowieństwa i nauczycieli ludowych. Gdy zmiany nie przyniosły efektu na początku 1885 roku Wydział wysyła do biskupa Albina Dunajewskiego i inspektora szkolnego swoich przedstawicieli.