Podczas II wojny światowej, w 1941 po zajęciu Lwowa przez Niemców, nauczał chemii w zawodowej szkole chemicznej we Lwowie. W 1942 przeniósł się do Warszawy, gdzie wykładał chemię organiczną na tajnych kompletach chemików i farmaceutów.
W latach 1928–1929 i 1929–1930 był stypendystą Funduszu Kultury Narodowej. Był członkiem francuskiego i niemieckiego towarzystwa chemicznego. Prowadził badania dotyczące stereochemii i mechanizmów reakcji organicznych, posługując się także metodami fizykochemicznymi. Prowadził badania teoretyczne dotyczące struktury przestrzennej związków organicznych i mechanizmu ich przemian. Zajmował się m.in. stereoizomerią , kwasu akonitowego, kwasów trój- i czterokarboksylowych, reakcją pentachlorku fosforu z kwasem etylenoczterokarbonowym, zajmował się także pochodnymi i cykloheksanu, badaniem reakcji Michaela oraz reakcji tlenocyjanku węgla z drobinami organicznymi.
Życie prywatne Był synem Aleksandra Małachowskiego i Florentyny z domu Witkowskiej. Brat Wandy Krakowskiej – pionierki ludowego przemysłu artystycznego, Janiny Małkowskiej – botaniczki, żony Stanisława Małkowskiego.
Zginął w czasie powstania warszawskiego, prawdopodobnie rozstrzelany w grupie zakładników.