W 1946 roku władze radzieckie zlikwidowały klasztor. Później, w 1980 roku, jego pomieszczenia wykorzystywano jako filię Lwowskiego Muzeum Historii Religii i Ateizmu. Przywrócenie funkcji klasztornych rozpoczęło się w latach 1989–1990, kiedy to budynki zostały ostatecznie zwrócone zakonowi bazylianów. W 1994 roku do klasztoru powróciła do niego główna relikwia klasztoru, Krystynopolska Ikona Matki Bożej, a także otwarto tam liceum męskie.
Igumenowie ks. Teodozij Hryhorowycz (1764–1766), pierwszy ihumen monasteru ks. Kornelij Sroczyński (27 marca 1766 – 24 września 1776) ks. Amplijat Krzyżanowski (1776–1788; †3.01.1788 w Krystynopolu) ks. Inokentij Krzyżanowski (1788–1794) ks. Wjaczesław Krynicki (1794–1810) ks. Markijan Tarnawski (1810–1815) ks. Warłaam Kompanewycz (1815–1822) ks. Maksymilijan Lityński (1822–1826; †18.12.1826 w Krystynopolu) ks. Mawrykij Halkewycz (1826–1835; †6.11.1835 w Krystynopolu) ks. Dorotej Pawłowski (1835–1840) ks. Orest Kaczkowski (1840–1855; †4.04.1855 w Krystynopolu) ks. Antonij Kuczyński (1855–1888)