Po powrocie do Polski w 1995 roku prowadził pracownię architektoniczną DEKORUM. W 1999 roku założył własne biuro projektowe pod nazwą ZABŁOCKI ARCHITEKTURA. Współpracował z firmą AZT Architekci, z której ramienia został współprojektantem m.in. budynku Agencji Reklamowej Gruppa 66 Ogilvy Mather w Warszawie (wraz ze Zbigniewem Tomaszczykiem, Krzysztofem Tubielewiczem i Ryszardem Piwowarem, budynek i wnętrza, projekt 1996, realizacja 1996–1997) i nowych wnętrz Kina „Atlantic” (modernizacja i rozbudowa czterech sal projekcyjnych, wraz ze Zbigniewem Tomaszczykiem i Ryszardem Piwowarem, projekt 1998, realizacja 1999). W 2007 roku zaprojektował wraz z Wojciechem Zabłockim, Michałem Podleśnym i Beatą Bajno kompleks Narodowego Centrum Sportu w Warszawie (projekt niezrealizowany).
Pełnił funkcję naczelnika wydziału architektury dzielnicy Ochota w Warszawie. Obecnie prowadzi działalność gospodarczą pod nazwą „Architekt Marcin Zabłocki” z siedzibą w Warszawie. Był zaangażowany w projektowanie Stadionu Narodowego oraz Stadionu Legii Warszawa.