Od 26 maja 1953 roku do lutego 1954 roku był zastępcą szefa Okręgowego Zarządu Informacji nr 5 w Krakowie. Był pozytywnie oceniany przez przełożonych, jednakże jego kariera zachwiała się po wyjściu na jaw faktu, iż rodzina jego żony w czasie wojny podpisała volkslistę, a szwagier był żołnierzem Wehrmachtu oraz członkiem Narodowych Sił Zbrojnych. W konsekwencji Niedzielina usunięto ze struktur Głównego Zarządu Informacji.

Od marca 1954 roku do czerwca 1956 roku piastował stanowisko komendanta Wojskowej Komendy Rejonowej w Będzinie. Z powodu zatajenia przeszłości żony został usunięty z Komisji Partyjnej przy Wojskowym Komendancie Wojewódzkim w Stalinogrodzie. Od czerwca 1956 roku do stycznia 1957 roku był komendantem Wojskowej Komendy Rejonowej Będzin-miasto.

Po rozpoczęciu tzw. odwilży gomułkowskiej działalność Niedzielina znalazła się w orbicie zainteresowania komisji Mazura. W jej raporcie wskazano m.in., że wobec oficerów oskarżonych w sprawie „spisku komandorów” Niedzielin stosował „szczególnie ostry przymus fizyczny i psychiczny”. Zarzucono mu także torturowanie wielu innych oficerów i marynarzy, w tym kadm. Adama Mohuczego.