W 1686 król Jan Sobieski zorganizował kolejne uderzenie na Mołdawię. Armia była gotowa do działań z początkiem lipca. W tym czasie, będąca w składzie pułku królewicza, chorągiew pancerna Baworowskiego liczyła 100 koni. 2 wersja (być może były dwie chorągwie Baworowskich) W 1686 król Jan Sobieski zorganizował kolejne uderzenie na Mołdawię. Armia była gotowa do działań z początkiem lipca. W tym czasie chorągiew pancerna Baworowskiego stacjonowała na pograniczu i liczyła 100 koni. Przedłużająca się wojna z Turcją spowodowała, że sejm warszawski w 1690 obniżył komput wojska koronnego. Zgodnie z nowym etatem chorągiew Szymona Baworowskiego liczyła 80 koni.
Podczaszy podolski Wacław Baworowski przejął 1 listopada 1692 szefostwo innej chorągwi od cześnika mielnickiego Stanisława Miączyńskiego.
Traktat pokojowy w Karłowicach zakończył wojnę z Portą Ottomańską. Wiosną 1699 sejm pacyfikacyjny dokonał redukcji armii koronnej i nakazał przejście wojska na etaty pokojowe. Na przełomie 1701/1702, znajdująca się na leżach zimowych, chorągiew cześnika halickiego Baworowskiego wchodziła w skład Partii