Uzupełnieniem systemu organizowanego przez Zakład było zakładanie i prowadzenie magazynów nasion. Magazyny te zapewniały odpowiednie warunki przechowywania materiału siewnego, umożliwiając jego konserwację, sortowanie oraz przygotowanie do dalszej dystrybucji. Państwowa sieć magazynów nasiennych pozwalała na tworzenie zapasów materiału siewnego, co miało znaczenie zarówno dla bieżącego funkcjonowania gospodarki rolnej, jak i dla zabezpieczenia ciągłości produkcji w sytuacjach nadzwyczajnych. W ten sposób magazyny nasienne stanowiły istotny element infrastruktury organizacyjnej państwowego systemu hodowli i nasiennictwa.
Zakład prowadził gospodarkę na podstawie rocznych planów finansowo-gospodarczych, które podlegały zatwierdzeniu przez Ministra Rolnictwa i Reform Rolnych. Jednocześnie Zakład stanowił odrębną jednostkę gospodarczą, prowadzoną według zasad handlowych. Zakładanie lub likwidowanie przez Zakład własnych gospodarstw nasiennych, wymagało uprzedniej zgody Ministerstwa Rolnictwa i Reform Rolnych.
Na czele Zakładu stał dyrektor, którego mianował i zwalniał Minister Rolnictwa i Reform Rolnych. Dyrektor odpowiedzialny był za prawidłowe i celowe prowadzenie Zakładu.