Po ekspedycji chocimskiej w 1621 roku napisał Commentariorum chotinensis belli libri tres (Pamiętnik wojny chocimskiej), który opublikował w 1646 roku w Gdańsku. Dzieła tego użył Wacław Potocki pisząc poemat Transakcja wojny chocimskiej. Jest autorem instrukcji napisanej na podróż jego syna do Krakowa (1640) i Francji (1645), która mieściła w sobie zasady najlepszego kształcenia.
Jakub Sobieski jest również autorem Diariusza sejmu koronacyjnego w Krakowie w 1633 roku, który opublikowany został w 2008 r. w Wydawnictwie Uniwersytetu Opolskiego w opracowaniu Włodzimierza Kaczorowskiego.
Do rangi dzieła urosła też instrukcja, którą wypisał w 1640 r. Pawłowi Orchowskiemu, opiekunowi jego synów w trakcie ich podróży na studia do Krakowa. Jakub Sobieski wyjaśnia w niej, dlaczego należy zdobywać wiedzę i które z dziedzin nauki należy pogłębiać, wypisując dalej listę języków obcych i umiejętności do nauczenia oraz sposobów, w jaki synowie mają je przyswoić, a także wskazówki dotyczące utrzymywania higieny osobistej, ćwiczenia pobożności i relaksu w czasie wolnym.