urazom, zaburzeniom naczyniowym, zaburzeniom wewnątrzczaszkowym, substancjom i ich odstawieniu, zakażeniom, zaburzeniom homeostazy, chorobom struktur czaszkowo-szyjnych oraz zaburzeniom psychicznym. Część III – bolesne uszkodzenia nerwów czaszkowych, inne bóle twarzy oraz pozostałe jednostki bólowe nieuwzględnione w częściach I–II. Dodatek (Appendix) – jednostki i kryteria o charakterze roboczym lub wymagające dalszych badań (m.in. alternatywne kryteria wybranych rozpoznań).
Kryteria diagnostyczne i kodowanie Jednostki chorobowe w ICHD-3 są kodowane hierarchicznie (numery rozdziałów i podrozdziałów) oraz opisywane z użyciem zestawów kryteriów diagnostycznych, formułowanych zwykle jako warunki oznaczone literami (np. A–D) oraz podpunktami.
W ICHD-3 dopuszcza się stosowanie klasyfikacji m.in. w praktyce klinicznej, edukacji i badaniach naukowych; publikacja określa również warunki wykonywania tłumaczeń na inne języki (m.in. wymóg zachowania wierności treści i wskazania, że tłumaczenie nie stanowi wersji zatwierdzonej przez IHS).