Kontrowersje nasiliły się po upublicznieniu nagich fotografii Thompson z magazynu Black & White oraz scen z erotycznego filmu Manhattan Gigolo (1986).

W marcu 2002 roku, po zaledwie siedmiu miesiącach pracy, Thompson zrezygnowała ze stanowiska. W wywiadach tłumaczyła, że format stacji był dla niej frustrujący i „nieodpowiedzialny", ponieważ sprowadzał skomplikowane tematy do krótkich fragmentów mających przede wszystkim wywołać lęk u widzów. Ze względu na klauzulę o zakazie konkurencji nie mogła od razu podjąć pracy w innej stacji informacyjnej, co ograniczało ją przez kilka miesięcy po odejściu z CNN. Już w maju 2002 roku nawiązała współpracę ze stacją Court TV, gdzie od czerwca prowadziła sobotni blok programowy Follow Your Intuition oraz pełniła funkcję narratorki w serialu dokumentalnym The System. W 2003 roku została prowadzącą programu Psychic Detectives w tej samej stacji.

W listopadzie 2003 roku powróciła do znaczących ról w serialach fabularnych, dołączając do obsady trzeciego sezonu produkcji Fox 24 godziny. Wcieliła się tam w postać Nicole Duncan, specjalistki ds. technologii współpracującej z jednostką antyterrorystyczną (CTU) w obliczu zagrożenia atakiem.