W ciągu ostatnich 30 tysięcy lat w obrębie pola wulkanicznego, do którego należy Apoyeque, miały miejsce 23 erupcje, z których 13 było eksplozywnych.
Wulkanolodzy wiążą również działalność Apoyeque ze słynnymi "Śladami z Acahualinca" – odciskami stóp ludzkich zachowanymi w osadach wulkanicznych w pobliżu Managui. Znajdują się one pod warstwami pumeksu, który prawdopodobnie pochodzi z Apoyeque lub pobliskiego otworu erupcyjnego.
Aktywność sejsmiczna Mimo braku potwierdzonych erupcji w czasach historycznych, obszar Apoyeque wykazuje znaczącą aktywność sejsmiczną.
Roje sejsmiczne – obserwowano m.in. w 2001, 2007, 2009 i 2012 roku. Rój z 2012 roku obejmował ponad 20 wstrząsów, z których najsilniejszy miał magnitudę 3,8. Trzęsienie ziemi w 2014 roku – 10 kwietnia 2014 roku w regionie wystąpiło trzęsienie ziemi o magnitudzie 6,1 Mw. Choć główne ognisko znajdowało się pod jeziorem Managua, zarejestrowano oddzielny klaster wstrząsów wtórnych bezpośrednio pod wulkanem Apoyeque. Analiza wykazała, że aktywność ta miała charakter typowych wstrząsów tektonicznych, a nie roju wulkanicznego.