Początkowo zakładano, że zajezdnia w tym miejscu istniała będzie tymczasowo, do momentu uruchomienia nowej zajezdni autobusowej na terenie ówczesnej dzielnicy Nowa Huta, jednak wskutek dynamicznie rosnących potrzeb eksploatacyjnych MPK Kraków zakład był systematycznie rozbudowywany. Zajezdnia Czyżyny funkcjonowała łącznie ponad 30 lat – została ostatecznie zamknięta w 1998 roku. Po tym czasie przez kilkanaście lat dla opuszczonego przez MPK byłego hangaru lotniczego władze miejskie nie znajdowały nowej funkcji, w rezultacie czego obiekt popadł w ruinę. Jeszcze przed likwidacją zajezdni, 30 grudnia 1997 roku, hangar wpisany został do rejestru zabytków.
W 2009 roku hangar przekazany został ówczesnemu Muzeum Inżynierii Miejskiej. Instytucja początkowo wykorzystywała halę jako magazyn, w którym przechowywano m.in. historyczne autobusy i tramwaje, planując jednocześnie modernizację obiektu. W kolejnych latach jednak kwestia ta ulegała komplikacjom prawnym wskutek roszczeń spadkobierców dawnych właścicieli gruntów, wywłaszczonych w 1929 roku decyzją władz województwa krakowskiego na rzecz rozbudowy lotniska. Na początku lat 10. XXI wieku zabytkowy obiekt znajdował się w złym stanie technicznym, wymagał pilnego remontu.