Murdoch University został zainaugurowany w Dubai International Academic City w 2008 roku przez Nahyana bin Mubaraka Al Nahyana, ministra szkolnictwa wyższego i badań naukowych ZEA. W 2020 roku kampus został powiększony do 27 000 stóp kwadratowych, czyli dwukrotnie większej od pierwotnej powierzchni. Nowy kampus, który został otwarty w lipcu 2020 roku, został zaprojektowany przez Woods Bagot i wybudowany przez KPS. Ma on wspierać rozbudowane obiekty w zakresie sztucznej inteligencji i cyberbezpieczeństwa. Ukończony, wielomilionowy kampus stał pusty przez pewien czas z powodu ograniczeń związanych z pandemią COVID-19, w okresie, w którym liczba nowych przyjęć do instytucji w całym Dubaju spadła o 50%. Uniwersytet utworzył fundusz pomocowy dla studentów dotkniętych pandemią.
Uniwersytet jest wspólnym przedsięwzięciem Uniwersytetu Murdoch i Navitas Middle East.
Podczas pandemii COVID-19 w 2020 r. uniwersytet brał udział we wspólnym projekcie z Uniwersytetem Khalifa, którego celem było zbadanie, w jaki sposób nowy koronawirus mógł zostać przeniesiony ze zwierząt, takich jak nietoperze, na ludzi.