Inspekcja trasy z 2004 roku wykazała, że brakuje około 150 kilometrów torów oraz dwóch mostów. Początkowo odbudowa wydawała się niemożliwa, jednak dzięki środkom ONZ linia została ponownie odbudowana. Po zakończeniu wojny domowej organizacje zajmujące się oczyszczaniem z min rozpoczęły pracę nad usunięciem min i niewybuchów z torowiska. Roboty z wykorzystaniem 110 saperów z ręcznymi i mechanicznymi środkami do rozminowywania i usuwania niewybuchów zostały ukończone w rekordowym czasie trzech miesięcy i przy bardzo niskich kosztach w czerwcu 2007 roku. Podczas operacji rozminowywania znaleziono i zniszczono łącznie 13 sztuk broni przeciwpiechotnej, 3 sztuki broni przeciwpancernej i około 35 000 sztuk różnego rodzaju ładunków wybuchowych oraz amunicji. We wrześniu 2009 roku pociąg, który przyjechał z Babanusy, dotarł do Aweil. W marcu 2010 roku cała linia została ponownie udostępniona do ruchu. Pierwszy pociąg towarowy, który dotarł do Wau, został powitany przez prezydenta Sudanu, Umara al-Baszira, oraz prezydenta Sudanu Południowego, Salvę Kiira Mayardita.