Nocą 11–12 września 1939 r. Niemcy wkroczyli do Siedlec. W czasie II wojny światowej doszczętnie zniszczyli cmentarz żydowski oraz podpalili synagogę. W sierpniu 1941 r., decyzją okupanta, zostało założone getto siedleckie.
Umschagplatz mały|Żydzi zebrani na siedleckim Umschlagplatz, 22 sierpnia 1942 W sobotę 22 sierpnia 1942 r. wczesnym rankiem rozpoczęto likwidację getta siedleckiego. Wszyscy Żydzi około godziny 10.00 zostali zebrani na Umschlagplatz (z niem. plac przeładunkowy), utworzonym na placu po zdewastowanym cmentarzu. Tego samego dnia zostali także przywiezieni żydowscy mieszkańcy Mord, Łosic oraz Sarnak. Na miejscu Żydzi zostali zmuszeni do siedzenia przez 30 godzin w upale, w oczekiwaniu na transport. Niemcy dokonywali selekcji, większość mieszkańców getta zakwalifikowano do wywózki, około 2000 rozstrzelano na placu, 600 w wieku 15–40 lat przeniesiono do getta szczątkowego.
W niedzielę 23 sierpnia 1943 r. Żydów przeniesiono na cmentarz przy ul. Szkolnej, znajdujący się w pobliżu torów kolejowych. Nieposłusznych, chorych bądź bez siły aby iść dalej, rozstrzeliwano. W wagonach umieszczono około 17 tysięcy Żydów i wywieziono ich na północ w stronę obozu zagłady w Treblince.
Współcześnie Po zakończeniu II wojny światowej, wszystkie ciała zostały przeniesione na cmentarz przy ul. Szkolnej.