Faza pucharowa rozgrywek Ligi Konferencji UEFA 2025/2026 rozpoczęła się 19 lutego 2026 i zakończyła meczem finałowym, który odbył się na Red Bull Arena w Lipsku 27 maja 2026.
Format Każdy mecz w fazie pucharowej, poza finałem, rozgrywany jest w dwóch meczach, przy czym każda drużyna gra jeden mecz u siebie. Drużyna, która zdobędzie więcej bramek w obu meczach, przechodzi do następnej rundy. Jeśli wynik jest remisowy, rozgrywa się 30 minutową dogrywkę (zasada bramek na wyjeździe nie jest stosowana). Jeśli wynik jest nadal remisowy po zakończeniu dogrywki, zwycięzcę wyłania się w rzutach karnych. W finale, który rozgrywany jest jako pojedynczy mecz, jeśli wynik jest remisowy po zakończeniu regulaminowego czasu gry, rozgrywana jest dogrywka, a następnie, jeśli wynik jest nadal remisowy, rozgrywana jest seria rzutów karnych.
Procedura losowania W fazie pucharowej nie ma ochrony kraju, drużyny z tego samego związku mogą się ze sobą zmierzyć w dowolnej rundzie. Drużyny mogą również zmierzyć się z przeciwnikami, z którymi grały w fazie ligowej.
Mechanizm losowania w każdej rundzie wygląda następująco: