Po śmierci Khalila Ibrahima, który zginął w grudniu 2011 roku w wyniku nalotu powietrznego w Kordofanie Północnym, Gibril został wybrany na nowego przewodniczącego JEM w styczniu 2012 roku. Rzecznik ruchu, Gibril Adam Bilal, ogłosił wówczas, że zmiana lidera nie wpłynie na cele organizacji, w tym dążenie do obalenia ówczesnego rządu w Chartumie.
Proces pokojowy i udział w rządzie (od 2020) Jako lider JEM, Gibril Ibrahim był jednym z kluczowych sygnatariuszy Porozumienia Pokojowego z Dżuby (Juba Peace Agreement), podpisanego 3 października 2020 roku pomiędzy rządem tymczasowym Sudanu a grupami wchodzącymi w skład Sudańskiego Frontu Rewolucyjnego (SRF).
W lutym 2021 roku, w ramach implementacji postanowień układu pokojowego dotyczących podziału władzy, został mianowany Ministrem Finansów i Planowania Gospodarczego. Na tym stanowisku nadzorował reformy gospodarcze, w tym proces oddłużania Sudanu w ramach inicjatywy HIPC, współpracując z Międzynarodowym Funduszem Walutowym.
Po wojskowym zamachu stanu w październiku 2021 roku, Ibrahim utrzymał swoje stanowisko w rządzie.