Od stycznia 1920 dowodził II batalionem 5 pp Leg. w walkach w Inflantach. W kwietniu 1920 został przydzielony do Dowództwa 1 Dywizji Legionów, a następnie do sztabu 3 Armii, gdzie pełnił funkcję oficera sztabu w oddziałach operacyjnym i wywiadowczym. 14 marca 1920 pod Makalewiczami został ranny. Po kilkudniowym pobycie w szpitalu wrócił do sztabu. W lipcu 1920 objął dowództwo grupy złożonej z dwu słabych batalionów etapwych (V łódzki i V lwowski) na czele, której walczył pod Kamieniem Koszyrskim, nad Bugiem oraz 16 sierpnia 1920 w bitwie pod Cycowem, gdzie został ciężko ranny. W komunikacie sytuacyjnym Dowództwa 3 Armii z 17 sierpnia gen. Zygmunt Zieliński napisał: Z uznaniem podkreśla się działalność kpt. Zajchowskiego, który mając w dyspozycji jedynie dwa baony etapowe, potrafił im nadać wartość bojową i skutecznie przeciwdziałać i powstrzymywać napór całej brygady bolszewickiej z artylerią. W czerwcu 1922 został zdemobilizowany i przydzielony w rezerwie do 5 pp Leg. Później został przeniesiony w rezerwie do 74 pułku piechoty w Lublińcu. 8 stycznia 1924 został zatwierdzony w stopniu kapitana ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 i 475. lokatą w korpusie oficerów rezerwy piechoty.