W latach 2012–2014 przewodniczył Kapitule Konkursu im. Jana Bauera na Społecznika Roku i Organizacji Pozarządowej Roku w Bytowie.
Zainteresowania badawcze Główne obszary badawcze Cezarego Obrachta-Prondzyńskiego obejmują: socjologię etniczności i problematykę mniejszości narodowych (ze szczególnym uwzględnieniem Kaszubów); socjologię kultury, antropologię współczesności i wielokulturowość; politykę regionalną, samorządność i demokrację lokalną; historię Pomorza XIX i XX wieku; pamięć społeczną i tożsamość kulturową.
Wybrane projekty badawcze Kierował lub współrealizował liczne projekty badawcze, finansowane ze środków krajowych i zagranicznych, m.in.: Muzea na Kaszubach – historia, zbiory, funkcje społeczne, rola kulturotwórcza (2007–2008, MKiDN); Poszerzenie pola kultury. Diagnoza potencjału sektora (2011–2012, MKiDN); Punkty styczne: między kulturą a praktyką (nie)uczestnictwa (2013–2014, MKiDN); Historia Kaszubów w dziejach Pomorza (2014–2019, Narodowy Program Rozwoju Humanistyki) – jeden z trzech głównych wykonawców; Kulturalna hierarchia. Nowe dystynkcje i powinności w kulturze a stratyfikacja społeczna (2015–2016, MKiDN); Gniazdo gryfa. Słownik kaszubskich symboli, pamięci i tradycji kultury (2015–2020, NPRH) – kierownik projektu.